Podczas intensywnej letniej powodzi w 1884 roku brzeg Wisły przesunął się o około 500 m w stronę Kępy Gocławskiej, pozostawiając z lewej strony biegu rzeki ogromną piaszczystą łachę. Na tym terenie, projektant i budowniczy, inż. angielski William Lindley, zbudował Stację Pomp Rzecznych, a inż. Kwiciński, wykorzystując powstałą zatokę, basen portu zimowego. Prace w porcie zostały ukończone w 1904 roku.

Port Czerniakowski to pierwszy port rzeczny w Warszawie. Na początku XX wieku część skarpy portu została umocniona kamieniami granitowymi i dębową palisadą. W porcie wodowano i remontowano statki parowe i barki o długości do 65 m. Podczas Powstania Warszawskiego pracownicy portu naprawiali łodzie i broń przeznaczoną dla powstańców. W 1945 r. uruchomiono tu stocznię rzeczną i warsztat mechaniczno-remontowy. W 1951 r. na bazie warsztatów powstała Warszawska Stocznia Rzeczna. Naprawiano tu statki rzeczne i budowano nowe obiekty pływające. W latach 1958-1969 zbudowano 24 pchacze typu „Żubr” (pchacz – statek wodny z napędem, o budowie umożliwiającej pchanie przed dziobem zestawów barek; używany głównie na wodach śródlądowych) oraz 30 małych śródlądowych statków pasażerskich. Ostatnim obiektem pływającym, zbudowanym w 1965 r. dla potrzeb filmu „Faraon”, był egipski statek z XI w. p.n.e. W okresie zimy Port Czerniakowski pełnił również rolę portu zimowego.

Stocznię zlikwidowano w 1969 roku. Pochylnia do remontu holowników i barek została zasypana gruzem. Obecnie pozostały tylko niektóre elementy tej budowli wodnej. Z nadbrzeży portu wyłaniają się zamaskowane ziemią i roślinnością stuletnie bulwary, wyłożone kamieniami granitowymi oraz betonowe schodki. Przy niskim stanie wody w porcie jest widocznych dwanaście szyn kolejowych, wykorzystywanych jako pochylnie. Z minionego okresu ocalało zaledwie kilka zakopanych kotw i polerów.

Teren ma wielką wartość przyrodniczą. Dzięki różnorodnej szacie roślinnej i czystej wodzie, istnieją tu sprzyjające warunki do żerowania, odpoczynku i rozmnażania się zwierząt. Żyje tu wiele gatunków ryb (szczupaki, leszcze, okonie, płocie, krąpie, itp.) oraz raki. Przylatują tu m.in.: czaple szare i białe, rybitwy zwyczajne (na zimę odlatują do Afryki), mewy, kormorany, łabędzie, kaczki, wrony siwe, sroki, dzięcioły czarne, zimorodki, pliszki, jaskółki brzegówki (na zimę odlatują z Polski), itd. Można też spotkać lisa, bobra, wydrę i nornicę. Brzegi portu są porośnięte drzewami : topolami białymi, czarnymi i kanadyjskimi oraz kilkoma gatunkami wierzb.

Wejście do Portu Czerniakowskiego dla jednostek pływających znajduje się na lewym brzegu, 511 km szlaku żeglownego Wisły. Tu zaczyna się prawie kilometrowej długości kanał portowy, wiodący do basenu dawnego zimowiska statków, zwanego dziś potocznie „patelnią”. Kanał portowy przecinają w dwóch miejscach ciągi komunikacyjne: u wejścia brama przeciwpowodziowa (śluza), a w środku Most Łazienkowski. Jeszcze w 2008 r. znajdował się w porcie jedyny w Warszawie czynny drewniany most (trzeci ciąg komunikacyjny przez port). Prowadził on na Cypel Czerniakowski. Most został zbudowany, w ramach zajęć szkoleniowych, przez żołnierzy 2 Warszawskiej Brygady Saperów w Kazuniu. Obiekt powstał, w trzy tygodnie, na przełomie marca i kwietnia 1980 r. Miała to być prowizorka, wykorzystywana tylko przez kilka lat. Jednak most został zbudowany przez wojsko solidnie i służył mieszkańcom Warszawy przez 28 lat. Z początku przeznaczony był na dojazd do Harcerskiego Ośrodka Wodnego. Z drewnianego mostu saperskiego korzystali harcerze, piesi i rowerzyści (tu przebiegała ścieżka rowerowa). Był on też często odwiedzany przez turystów. Z niego można było podziwiać (szczególnie w nocy) przeuroczy Port Czerniakowski. Na początku 2008 roku most zamknięto, bo groził zawaleniem. Zarząd Terenów Publicznych zdecydował o rozebraniu tego saperskiego obiektu. Na przełomie września i października firma, która wygrała przetarg, zlikwidowała ten mostek.

Obecnie niewielki fragment nabrzeża Portu Czerniakowskiego jest wykorzystywany przez żeglarzy z Ośrodka Żeglarskiego PTTK „Rejsy” oraz Warszawskiego Towarzystwa Wioślarskiego. Od czasu, do czasu trenują w porcie kajakarze. Miłośnicy wędkarstwa mają tu doskonałe warunki do wędkowania. Port stał się również przyjaznym miejscem cumowniczym dla kilku barek mieszkalnych.

Niestety Port Czerniakowski nie był pogłębiany od ponad 40 lat. Postępująca w tym czasie erozja denna koryta Wisły (w Warszawie od r. 1945 dno obniżyło się o około 2,5 m) wraz z osadzaniem mułu w porcie, doprowadziła do sytuacji, w której podczas niskiego stanu wody znaczny obszar wodny portu wysycha i uniemożliwia wodniakom korzystanie z obiektu.

Obecnie w Porcie Czerniakowskim cumuje barka „Herbatnik”, na której fundacja „Ja Wisła” organizuje przedsięwzięcia kulturalne (w każdą sobotę – od początku maja do końca września). Od strony zachodniej portu, na ogrodzeniu wokół siedziby Straży Miejskiej miasta stołecznego Warszawy przy ul. Czerniakowskiej 130/132, jest prezentowana wystawa starych pocztówek dawnej Wisły w Warszawie. Składa się na nią 100 wielkoformatowych reprodukcji: drzeworytów, grafik, obrazów i fotografii rzeki od XVI w. do połowy XX w. Wystawę przygotowała fundacja „Ja Wisła”. Zamysłem fundacji „Ja Wisła” jest rewitalizacja Portu Czerniakowskiego i utworzenie na tym terenie Skansenu Rzeki Wisły. W skansenie znalazły by miejsce istniejące jeszcze statki rzeczne, drewniane krypy i krypki, i inne eksponaty związane z Wisłą.

Ten opis pochodzi z wirtualnego projektu CHODŹ NAD WISŁĘ, który zrealizowała Fundacja Ja Wisła dzięki dofinansowaniu otrzymanemu z Urzędu Miasta St. Warszawy i wpłat z 1% podatku.