Fragment środkowego biegu Wisły od Dęblina po Płock, w nim także Wisła warszawska, został włączony do europejskiej sieci obszarów chronionej przyrody zwanej Natura 2000. Ta ostoja przyrody o formalnej nazwie „Dolina Środkowej Wisły” PLB 140004, zajmująca powierzchnię ok. 30 tys. hektarów, jest tzw. „obszarem specjalnej ochrony ptaków”, włączonym do projektu sieci Natura 2000, jaki rząd Polski przedstawił Komisji Europejskiej w momencie wstępowania naszego kraju do Unii Europejskiej.

Obszar specjalnej ochrony ptaków „Dolina Środkowej Wisły” został ustanowiony przede wszystkim dlatego, że jest jednym z dziesięciu najważniejszych w Polsce lęgowisk dwóch gatunków ptaków zagrożonych wymarciem w Unii Europejskiej: rybitwy rzecznej i rybitwy białoczelnej. Dla rybitwy białoczelnej „Dolina Środkowej Wisły” jest najważniejszym polskim lęgowiskiem. Oba te gatunki rybitw są związane z roztokowym charakterem środkowej Wisły – z piaszczystymi wyspami, które licznie występują w jej nurcie. Takie właśnie wyspy całkowicie pozbawione roślinności lub skąpo nią porośnięte są ulubionymi miejscami lęgów tych ptaków. Na terenie całej ostoi „Dolina Środkowej Wisły” gniazduje około 1400 par rybitwy rzecznej i 500 par rybitwy białoczelnej. Stosunkowo licznie występuje tu kolejny gatunek zagrożony wymarciem w krajach Wspólnoty – zimorodek. Ten pięknie ubarwiony ptak kopie norki lęgowe w podmywanych przez nurt rzeki urwistych brzegach Wisły i brzegach dużych, „starych” wysp w jej nurcie. Takie skarpy występują wyłącznie na odcinkach Wisły w dużym stopniu naturalnych – to właśnie naturalna, kapryśna „roztokowa” środkowa Wisła podcinająca brzegi, rozmywająca i usypująca wyspy sprawia, że świat ptaków tego odcinka Wisły jest tak bogaty.

Pod względem stopnia naturalności, bogactwa przyrodniczego i piękna krajobrazu ze środkową Wisłą na terenie Unii Europejskiej może konkurować jedynie Loara. Tyle tylko, że ten unikatowy, naturalny charakter Wisły został niestety niemal całkowicie zniszczony w granicach Warszawy, wskutek regulacji rzeki. Piękną, niemal naturalną Wisłę można zobaczyć jedynie na południowych i północnych peryferiach Warszawy – w rezerwatach przyrody „Wyspy Zawadowskie” i „Ławice Kiełpińskie”. W tych miejscach gniazdują wszystkie charakterystyczne dla całej środkowej Wisły gatunki ptaków: rybitwy białoczelne, rybitwy rzeczne, mewa pospolita (wbrew swojej nazwie zagrożona wymarciem), sieweczki rzeczne, sieweczki obrożne i zimorodki. Na pozostałych fragmentach warszawskiej Wisły jedyne co zostało z przyrody naturalnej rzeki to zarośla wierzbowe i resztki lasów lęgowych. Ale to jest również środowisko bardzo dla ptaków ważne, w tym dla gatunków zagrożonych wymarciem w Unii Europejskiej takich jak bączek, dzięcioł czarny, podróżniczek, pokrzewka jarzębatka czy dzierzba gąsiorek. Dzięcioł czarny jest stałym mieszkańcem zadrzewień warszawskiego odcinka Wisły, a pozostałe gatunki znajdą tu korzystne dla siebie warunki podczas wiosennej i jesiennej wędrówki.

Ostoja „Dolina Środkowej Wisły” została utworzona również ze względu na wysoką liczebność zagrożonego wymarciem w skali globalnej derkacza. Ten „pierwszy skrzypak na łące” jak o nim pisał Adam Mickiewicz w „Panu Tadeuszu”, w naszym kraju gniazduje przede wszystkim właśnie na łąkach. Jest on jednym z najlepszych przykładów pokazujących, ze Natura 2000 nie oznacza zakazu wszelkich form gospodarki. Wręcz przeciwnie – skuteczna ochrona derkacza będzie wymagała działań na rzecz zachowania zanikającej, tradycyjnej gospodarki łąkarskiej. Bielik to pierwowzór naszego godła i jednocześnie kolejny gatunek „ptaka szczególnej troski w Unii Europejskiej”, jako że jest zagrożony wymarciem na terenie krajów Wspólnoty. Regularne pojawianie się bielików na bielańskiej części Wisły, paradoksalnie, jest rezultatem dziesięcioleci naszych poważnych zaniedbań w ochronie środowiska – odprowadzania wprost do Wisły nieoczyszczonych ścieków. Zimą ścieki wypływające z kolektora młocińskiego przywabiają liczne stada mew śmieszek i kaczek krzyżówek, na które chętnie polują bieliki.